遺伝子頻度（gene frequency）とは、対立遺伝子頻度（allele frequency)のことであり、ひとつの遺伝子座に対して、複数の対立遺伝子が存在する場合、それぞれの対立遺伝子の集団中における頻度のことである。
常染色体上の遺伝子は、1個体につき2個の対立遺伝子を持つので、集団中の各個体の遺伝子型を決定して各対立遺伝子ごとの頻度から推定できる。対立遺伝子が1種類しか存在しない場合は、その対立遺伝子の頻度は1.0(100%)である。